بر اساس دو نظام جداگانه، دانشگاه‌های جهان اسلام و کشور را رتبه‌بندی می‌نماید.
هم‌اکنون پایگاه مذکور نتایج دومین و سومین دوره رتبه‌بندی دانشگاه‌های جهان اسلام را به صورت همزمان اعلام نموده است که دانشگاه فردوسی مشهد موفق به کسب رتبه 31 در رتبه‌بندی سال 2015-2014 و رتبه 30 در رتبه‌بندی سال 2016-2015 گردیده است و در مجموع نسبت به اولین دوره ارزیابی‏، 5 پله صعود داشته است.
رتبه‌بندی دانشگاه‌های جهان اسلام در نشست فوق‌العاده وزرای آموزش عالی و تحقیقات علمی کشورهای اسلامی در سال 2011 به پایگاه استنادی علوم جهان اسلام واگذار گردید و پایگاه مذکور برای اولین بار حدود 600 دانشگاه و مؤسسه تحقیقاتی برتر در سطح کشورهای اسلامی را بر اساس سیاست‌های کلان علم و فناوری کشور و با استفاده از اطلاعات سال 2014-2013 ارزیابی نمود.
رتبه‌بندی مذکور در 5 حوزه کلان علوم پایه، فنی و مهندسی، علوم کشاورزی، علوم پزشکی و علوم اجتماعی و بر اساس چهار معیار اصلی تأثیر علمی، دیپلماسی علمی، تولید علمی و تأثیر اقتصادی انجام می‌گردد و اطلاعات مورد نیاز جهت محاسبه جایگاه هر دانشگاه نیز بر اساس اطلاعات پایگاه‌های معتبر بین‌المللی همانند ISI و ESI احصاء می‌شود.
همچنین پایگاه استنادی علوم جهان اسلام از سال 1389 دانشگاه‌ها و مؤسسات پژوهشی کشور را به صورت رسمی و بر اساس معیارها و شاخص‌های مصوب ششمین نشست فوق‌العاده وزاری آموزش عالی کشورهای اسلامی ارزیابی و رتبه‌بندی می‌نماید. در جدیدترین نتایج منتشر شده توسط ISC، دانشگاه فردوسی مشهد در ارزیابی سال 1396 موفق به کسب رتبه 4 در بین 81 دانشگاه‌ جامع وزارت علوم، تحقیقات و فناوری شده است که نسبت به سال قبل صعودی نداشته است.