نظام ارزیابی لایدن یکی از نظام‌های معتبر ارزیابی دانشگاهی است که هر ساله دانشگاه‌های برتر دنیا را بر اساس شاخص‌های معتبر علم‌سنجی به صورت کلی و موضوعی مورد ارزیابی و رتبه‌بندی قرار می‌دهد. در جدیدترین نتایج این نظام در سال 2021، دانشگاه فردوسی مشهد با ارتقاء جایگاه نسبت به سال گذشته، موفق به کسب رتبه 440 در جهان و رتبه 155در آسیا شده و همچون گذشته موفق به حضور در میان سه دانشگاه جامع برتر ایران شده است. 

به نقل از معاونت برنامه ریزی و توسعه منابع، دانشگاه فردوسی مشهد در رتبه‌بندی موضوعی این نظام، موفق به کسب رتبه 205 در حوزه موضوعی ریاضیات و علوم کامپیوتر، رتبه 229 در حوزه موضوعی علوم فیزیکی و مهندسی، رتبه 286 در حوزه موضوعی علوم زیستی و علوم زمین، رتبه 784 در حوزه موضوعی علوم اجتماعی و انسانی و رتبه 856 در حوزه موضوعی علوم بیو‌پزشکی و بهداشتی شده است. بر این اساس دانشگاه فردوسی مشهد در حوزه‌های موضوعی ریاضیات و علوم کامپیوتر، علوم اجتماعی و انسانی و علوم بیو‌پزشکی و بهداشتی جزء سه دانشگاه جامع برتر کشور می‌باشد.