نظام ارزیابی لایدن یکی از نظام‌های معتبر ارزیابی دانشگاهی است که هر ساله دانشگاه‌های برتر دنیا را بر اساس شاخص‌های معتبر علم سنجی مورد ارزیابی و رتبه‌بندی قرار می‌دهد. همچنین این نظام مبنای تحقق جایگاه جهانی دانشگاه فردوسی مشهد در چشم‌انداز دانشگاه (جزء 500 دانشگاه ممتاز جهان) می‌باشد.

بنا بر اعلام معاونت برنامه ریزی و توسعه منابع دانشگاه و بر اساس نتایج ارزیابی کلی سال 2020 نظام لایدن، دانشگاه فردوسی مشهد با 11 پله صعود نسبت به سال 2019، موفق به کسب رتبه 459 شده است. همچنین در رتبه‌بندی موضوعی این نظام در سال 2020، موفق به کسب رتبه 201 در حوزه موضوعی ریاضیات و علوم کامپیوتر، رتبه 226 در حوزه موضوعی علوم فیزیکی و مهندسی، رتبه 289 در حوزه موضوعی علوم زیستی و علوم زمین، رتبه 801 در حوزه موضوعی علوم اجتماعی و انسانی و رتبه 880 در حوزه موضوعی علوم بیو‌پزشکی و بهداشتی شده است.