بر اساس گزارش روابط عمومی دانشگاه فردوسی مشهد ، 26 دانشگاه ایران در فهرست 963 دانشگاه مؤثر دنیا قرار گرفتند که دانشگاه فردوسی مشهد رتبه نخست دانشگاه جامع شهرستان را در شاخص تأثیر علمی به خود اختصاص داد .

بنا بر نتایج نظام رتبه‌بندی لایدن در سال 2019، دانشگاه فردوسی مشهد موفق به کسب رتبه 470  در جهان شده است و در سطح کشور نیز در فهرست سه دانشگاه برتر جامع کشور قرار گرفته است. این دانشگاه همچنین موفق به کسب جایگاه ممتاز جهانی در زمینه‌های ریاضیات و علوم کامپیوتر (با رتبه 176) و علوم فیزیک و مهندسی (با رتبه 246)، علوم زیستی و علوم زمین (با رتبه 292) شده است.  

نظام ارزیابی لایدن یکی از نظام های معتبر ارزیابی دانشگاهی است که هر ساله دانشگاه‌های برتر دنیا را بر اساس شاخص‌های معتبر علم سنجی مورد ارزیابی و رتبه‌بندی قرار می‌دهد. این نظام، دانشگاه‌ها را بر اساس تولیدات علمی نمایه شده آنها در پایگاه استنادی web of Science مورد ارزیابی قرار می‌دهد و شاخص های مورد استفاده در آن  مجموعه‌ای از شاخص‌های پیچیده کتابشناختی، در حوزه‌های تأثیر علمی، همکاری‌ها، دسترسی آزاد به انتشارات و تنوع جنسیتی دانشگاه‌ها می‌باشد.