پایگاه استنادی علوم جهان اسلام (ISC) هر ساله دانشگاه های جهان، جهان اسلام و کشور را رتبه بندی می نماید. رتبه‌بندی دانشگاه‌ها و مؤسسات پژوهشی کشور از سال 1389 به صورت رسمی و بر اساس معیارها و شاخص های مصوب ششمین نشست فوق‌العاده وزاری آموزش عالی کشورهای اسلامی انجام می‌شود. در جدیدترین نتایج منتشر شده توسط ISC، دانشگاه فردوسی مشهد در ارزیابی سال 98- 1397، همانند سال گذشته موفق به کسب رتبه سوم در بین دانشگاه‌های‌ جامع وزارت علوم، تحقیقات و فناوری شده است. 

یادآور می شود که دانشگاه فردوسی مشهد بالاترین امتیاز را از معیار آموزش از آن خود کرده است و دومین دانشگاه برتر ایران در شاخص های آموزش محسوب می شود.

دانشگاه ها در نظام رتبه بندی ISC در پنج شاخص شامل پژوهش، آموزش، وجهه بین المللی، تسهیلات و امکانات و فعالیت های اجتماعی-اقتصادی ارزیابی می شوند و بر اساس این رتبه بندی، دانشگاه فردوسی مشهد، برترین دانشگاه شهرستان ها محسوب می شود.